将此事交给了太子等人去办理了之后，朱载坖召见了锦衣亲军都指挥使陆绎，询问对于江东之、顾宪成、魏允贞等人的审讯情况，陆绎如实向朱载坖汇报了相关的情况，经过锦衣亲军的调查，确实没有发现他们有明确的结党乱政的行为，不过顾宪成等人确实是经常聚集一帮进士、官员，聚众讲学，言辞之间对于朝政也多有抨击之词。
朱载坖笑笑说道：“那就是欲结党而未遂嘛！”在朱载坖看来，顾宪成的这种行为，就是以讲学为名，聚众结党，只不过其事未成，就被朱载坖所拿获了罢了，朱载坖当即给刑部尚书洪朝选下了个上谕，询问结党乱政未遂应当怎么处理，洪朝选很快上奏，按照大明律，应当以奸党论处。
大明律所规定的奸党罪，主要有三个方面，若在朝官员，交结朋党，紊乱朝政者，若犯罪，律该处死，其大臣小官巧言谏免，暗邀人心者，若刑部及大小各衙门官吏不执行法律，听从上司主使，出人人罪者。以上都构成奸党罪，要受到严厉惩治：本人处死，妻子为奴，财产入官。
洪朝选认为未遂的话，可以比照既遂减罪三等，留三千里，追毁出身以来文字，平心而论，洪朝选这个建议意见是非常之重了，毕竟现在大明讲学成风，官员士子以讲学机会为名，抨击朝廷行政，这些事情，已经是司空见惯了，很多人也不以为意，朱载坖现在要严惩此事，甚至祭出了大明律中的奸党一罪，摆明了就是要严惩这些人的，所以洪朝选已经是从重拟了。
没想到朱载坖显然是不满意了，当即御笔草诏道：“彼等聚众，名为讲学，实则暗结奸党，抨击朝政，构陷大臣，罪在不赦。朕怀仁慈，不欲轻言杀戮，亦不欲市曹刑戮，赐令彼等诏狱自尽，追毁出身以来文字，妻子流放哈密，永不放还，从者削籍、追毁出身以来文字，于皇庄编管！”
朱载坖亲自拟定了对于这些的惩处，使得百官震惊，朱载坖已经很长一段时间没有轻易杀戮臣子了，这次对于顾宪成等人，朱载坖不仅要予以杀戮，甚至祭出了当年大明律中最可怕的奸党一条，对于这些大臣们来说，还是很有杀伤力的，至少朝廷安静了不少，也没有人敢于上疏求情，牵连道奸党一案，可不是开玩笑的，那是要族诛的。
朱载坖还戒谕群臣，以顾宪成为戒，敢有妄结奸党、为乡党张目者，类同此例，朕必严惩之，朱载坖采取强硬手段狠狠震慑了朝廷上的这帮臣子之后，对于东南的地方官员也予以了严厉的训斥，朱载坖认为他们因循苟且，袒护奸党，致令漕渠酿祸，尔等能安坐于堂上乎？若再姑息奸党，尔等首领不保也！
朱载坖的严厉训斥使得这些官员们也赶紧把头缩回去了，他们很清楚朱载坖警告可不是开玩笑，那是真的要杀人的，而朱载坖也随即发布诏令，以南京守备丰城侯李儒佥书南京中军都督府，提督浙直水陆军务事，领靖逆将军印，同时赐钦差浙直观察使严世蕃令箭符节，准予节制浙直官军，令丰城侯李儒也暂归严世蕃节制。
这下天下的臣子们只要不瞎不傻，也都明白了朱载坖的意思，朱载坖也明摆着要对这些东南豪强们动手了，朱载坖的上谕抵达南京的当日，领受上谕的钦差浙直观察使严世蕃当即来到南京中军都督府守备官厅，命令南京守备、靖逆将军丰城侯李儒擂鼓聚将。
严世蕃当即出示了朱载坖赐予的令箭符节，由都督府断事官查验无误之后，严世蕃命令李儒调动浙直两省的官军，接管各府州县城防，在锦衣亲军的带领下抓捕各处的人犯，同时抄没其家产，然后命令浙直两省水师以及操江水师暂时中断长江和各处江防要道的航运，除了和朝廷联系的驿船之外，其他所有传旨不得通行。
随后严世蕃以钦差浙直观察使的名义行文浙直总督杨继盛、南直隶巡抚蔡国熙和浙江巡抚、漕运总督、漕运总兵等官员，以王命旗牌命令他们调动驻扎于浙直的卫所官军和巡检司，于各处交通要道设卡，不准放跑一名人犯，同时各地方官府会同锦衣亲军查抄人犯家产，等待朝廷接收。
随后严世蕃就向朝廷奏明，天妃闸覆船与徐州水次仓失火两岸，均系东南地方豪强盗卖漕粮之后，为了防止事情败露，而勾结漕帮、以及漕运、仓场贪官污吏们一起制造的惊天大案，同时幸赖朱载坖天威，在钦差观察使严世蕃的指挥下，劳堪、张学颜、刘守有等诸臣用命，将彼等奸谋揭发。
严世蕃向朱载坖上疏陈奏东南豪强盗卖漕粮、擅自加耗，荼毒百姓、利用漕船夹带货物，逃避朝廷税收、与漕帮、盐政漕运官吏勾结，贩卖私盐、私藏军器，豢养家丁私兵、暗结匪类，阴图不轨等事，指控这些豪强们犯有奸党、谋逆等大罪六款，小罪十七款，而东南的州县官吏、漕运官吏、盐政官吏也都有与之同谋的，被严世蕃一道参劾，现在各人犯已经就擒，严世蕃奏请朱载坖圣裁此事。
朱载坖揽奏之后当即御批道：“揽奏何其愤恨！其非大明之臣民也！其地非大明之疆域也！彼等谋逆之意，昭然若揭，而东南官员，竟不能发其奸谋，是何道理？朝廷上下，无人知其奸谋乎？彼等既不以大明臣民自居，则朕亦不以彼等为人也！着法司从重拟来详勘，若有上疏渎扰者，与之同罪！”
朱载坖同时再次下达命令，加钦差浙直观察使严世蕃巡视盐政，对于涉案的盐政官吏，也一体缉拿问罪，同时锦衣亲军也将此案的详细经过以及相关口供、证据呈递京师，朱载坖命令下三法司严审。
