而在礼部，经过礼部尚书徐学谟等人于索南加措的谈判，大明和格鲁派终于算是达成了协议，大明册封索南加措为向化法王，将靠近乌斯藏的一些地方直接赐予向化法王，由法王进行管理，作为回报，索南加措会帮助朝廷安定青海，同时不管是活佛还是法王，都必须经过朝廷的册封才能够得以继承。
对于格鲁派的势力，朝廷也做了一定程度的限制，在非向化法王辖地内，格鲁派寺院不得超过三百僧人，不准私藏武器，不准干涉地方行政，不准私藏朝廷通缉的逃犯等，在这些地方仍旧实行度牒制度，要想出家也需要法王考核同意之后报请礼部僧录司发给度牒才行。
同时经过吏部兵部的商议，在西宁卫设置西宁府，同时重设西宁兵备，调广东按察副使赵可怀为西宁知府兼西宁兵备道，负责西宁地区的防务，同时在青海建立官府，由太地方官府，与当地的牧民的确定相关的赋税征收等事项，同时青海最大的意义就是为朝廷提供优良的战马，由太仆寺划定官马场，雇佣当地的牧民为朝廷牧养战马。
同时太仆寺还要直接在青海收购战马，用茶叶、布匹瓷器等与当地的牧民交换马匹，朝廷要在青海屯驻重兵，尤其是骑兵，朱载坖命令五军都督府设立青海都司，同时设立青海镇，在青海镇，主要以骑兵为主，一来是利用骑兵机动力来弹压青海的反抗力量，还有利用青海的地形和马匹训练骑兵，在青海维持一支强大的战略预备队。
按照朱载坖的规划，朝廷以青海、河套和大宁辽河套为三个主要的马场，同时训练骑兵，在青海、宁夏、大宁、辽东维持一支庞大而有战斗力的骑兵部队，作为朝廷的战略预备队使用。
青海的骑兵主要用于安定青海，在经略西藏时将会发挥主要的作用，同时策应对于西域的经略，而屯驻在宁夏、甘肃的骑兵，则是负责隔断蒙古和青海、西藏的联系，准备用于经略西域。
而大宁、辽东的骑兵则是用于拱卫京师，震慑蒙古人，三支战略预备队各有的用处，还要将京营和亲军诸卫中的骑兵轮流调到这三地训练，以保障这些骑兵的战斗力。
朱载坖认为青海地位重要，虽然实行改土归流，但是毕竟青海的其他内陆省份不同，由大量的少数民族，所以朱载坖命令设置钦差总理青海蒙古番子事务大臣，管理蒙古族、藏族事务，以兵部尚书衔坐镇，专门负责处理青海事务，要选用精通军务的重臣，经首辅张居正推荐，调原南京兵部左侍郎曾省吾加兵部尚书衔钦差总理青海蒙古番子事务大臣兼总督青海军务督理粮饷，驻节西宁。
在朱载坖处理青海善后事务的时候，提督蓟辽军务黑春也统帅官军与土默特部、女真诸部的联军，征讨土蛮，图们汗见势不妙立即北撤，官军追逐五百余里，斩首四百七十级，大胜而归，朱载坖命令赏赐参战的各蒙古部落首领和女真酋长们，同时再次从女真征兵调往安东都护府，以增强徐渭的实力。
而在征讨图们汗的过程中，黑春获得了一些有关土蛮部的信息，使得朱载坖对于图们汗有些警惕了，按照黑春的奏报，图们汗对蒙古社会实行多年的纳贡兼摊派的赋税徭役制度进行了改革，决定向归附土蛮部的女真部珠尔奇特、额里古特、达吉忽尔（达斡尔）三个部落征收赋税。
还在辽东地区征召汉族农民种地，解决粮食问题。汗廷还颁布了《图们汗法典》，其内容广泛：一、使者、官差事；二、出征、战阵事；三、追捕、逃亡事；四、打架、斗殴、人身伤害、人命事；五、婚姻嫁娶、治奸事；六、埋葬、治盗事；七、遗产分配、财产继承事；八、牧养、涉猎事；九、诺延与平民关系事；十、敬上、禁忌事；十一、听讼、判刑事；十二、证人、设誓、服法事；等等。这是继《成吉思汗大法典》后的又一部重要的法律文件，对规范土蛮部蒙古社会的行为准则和稳定社会秩序起到了重要的作用。法典颁布后，下达蒙古各部遵照执行。
朱载坖认为，这说明图们汗其志不小，要予以严加征讨才行，朱载坖立即命令提督蓟辽军务黑春和辽东总兵严绍庭，对于投靠土蛮部的女真部落，要予以严厉打击，大明绝对不会放任这些事情发生，对于这些女真部落，要予以严厉打击，防止其作乱，同时加强对于土蛮部的情报收集，囤积粮秣，准备大举征讨土蛮。
而奉命与佛郎机谈判的钦差正副使严世蕃、王直也已经赶到了广州，首先了解的相关的情况，同时尼德兰使节也带来了消息，佛郎机通过尼德兰向大明表示愿意谈判，但是希望大明能够将被俘的尼德兰人的船只先行归还，这个请求遭到了严世蕃的严词拒绝，开什么玩笑，这些都是大明在谈判桌上的牌，怎么可能轻易就让给佛郎机，严世蕃可没有这么傻，朱载坖可是有严旨的，得从佛郎机人身上榨出银子来。
严世蕃通过尼德兰人向佛郎机使臣表示，大明会保证这些佛郎机商人和他们的船只安全，但是是否释放，得取决于两国的谈判结果，大明不可能现在就释放这些人和船只的，其实严世蕃的言外之意已经是很清楚了，能否释放这些佛郎机商人和船只，得取决于佛郎机给大明什么条件，只要条件合适，大明是可以答应佛郎机的条件的。
严世蕃还趁佛郎机使臣没有到广州的空档，广泛的接见广州的西洋商人，了解西洋的风俗习惯，尤其是关于战争的规矩和谈判的条件，做到知己知彼，百战不殆，同时和王直等拟定相关的谈判条件和方法。
