后来由于朝廷实施宗禄永额，和一系列打击宗室的举动之后，使得楚藩的财政情况更加拮据，其实现在各个宗藩财政都比较拮据，但是其他的宗藩并没有出现这样的事情，唯独楚藩出现这样的事情，肯定还是有他自己的原因的。
对于朱载坖的这个看法，张居正也认为确实如此，楚藩现在的乱局，和嘉隆年间在位的端王、愍王和恭王三人还是有很大的关系，这三位首先就不是什么好鸟，在处理宗藩关系上，楚王自己就做不到在宗藩内部处事公允，端王和愍王还经常包庇依附于自己的郡王、将军等宗室，打压和侵克反对他的宗室，因此导致宗室离心。
而楚藩内部还出了弑父这样的丑闻，使得楚王的威信更是大幅度降低，宗藩内部对于楚藩的敬畏之心已经完全丧失了，为了争权夺利而互相攻讦是非常正常的事情。
至于此案具体应该怎么处理，内阁辅臣们也是看法不一，陈以勤就认为，楚藩是大藩，武昌郡中阖府之诸宗不下三四千位，又是太祖亲封之藩，处理还是要慎重一些，以保全宗室的颜面也主要目的。
不过次辅张四维则是揣摩了朱载坖的心意之后说道：“陛下，楚藩人数众多，虽多良善，实繁凶暴，宜以国法绳之。”
张四维的话确实很得朱载坖的心意，对于楚藩，朱载坖实在是没有任何耐心了，嘉靖年间的那些烂事朱载坖不想去再谈了，但是从朱载坖即位以来，楚藩是没少给朱载坖整活，隆庆五年，楚恭王死，由于继任楚王还在强暴之中，所以朝廷命令武冈王朱显槐暂摄楚藩。
没想到上来就给朱载坖整个大活，诱淫王妃杭氏，并盗楚库无遗，被楚藩宗室揭发，朱载坖还没来的及处理他，这厮竟然甚至借恭王长女生辰之机，带药谋害华奎、华壁， 因被发现及时未成功，被仪宾刘宗源、谢士光等上京具奏，事下都察院查勘，简直是耗子腰里别了杆枪，起了打猫心思。
朱载坖当然不能容忍，将其圈禁起来，由其子继承武冈王爵位，然后由朝廷指令东安王暂摄楚府，但不许收掌本府钱粮，只住门外空宅以远嫌疑，但是没想到也能整出事情来，隆庆十年，东安王与楚王实则是太妃和楚王府宦官因为争夺一所宅院而爆发激烈的冲突。
楚王向朝廷上疏，言东安王用事群奸，侵克钱粮，丛计拨置，各宗仪不遵约束，朋党抗违。东安王也弹劾王府内侍侵占王府钱粮，搞得朝廷也极不耐烦，再次将东安王的摄府事解除，以武冈王摄府事，这次武冈王不愿惹事，只是挂个名头，根本不管王府的烂事。
这就导致现在的楚王府实际上是太妃和一众内臣在管事，他们千方百计的想增加楚王府的收入，但是现在朝廷对各宗藩的态度是很明确，之前的奏讨祈请是显然不可能的，为了捞钱，他们将主意打到了宗室身上，克扣郡王、将军们的宗禄，导致楚府宗室和楚王的矛盾极深，再加上现任楚王的身份确实存疑，在矛盾激化之后，楚藩宗室选择愤而反击，揭发此事，也就不足为奇了。
本质来说，就是楚藩的内讧，但是问题是朝廷要如何处理此事，事情已经过去十年之久了，朝廷就是想要再行查勘，恐怕也不是什么容易的事情。
所以张居正的看法很明确，这种事情，是无法拿到台面上来说的，宫闱秘事，谁又说的清楚，朝廷恐怕既不能证明楚王的血脉真实，也很难证明楚王不是朱家血脉，到头来损的天家的颜面，所以张居正的想法大张旗鼓的和稀泥，毕竟现在事情已经被捅破了，朝廷不可能毫无反应，否则无法对天下人交代的。
朝廷肯定是要严究此事的，但是是否能够将此案查清楚，那又是另一回事儿了，反正要先将此事拖过去，等到事情的平息下来之后，朝廷再作处断，方才是合适的办法，毕竟事缓则圆嘛。
朱载坖也同意张居正的看法，先查下去再说，至于最后怎么处理此案，自有朝廷做主。
除了楚宗之案外，就是杭州浙兵之事，之前嘉靖年间为了应对倭寇的袭扰，前浙直总督胡宗宪招募士卒，由戚继光、俞大猷加以训练，在浙江编练了一支数量相当可观的军队，在抗倭结束之后，总共4.5万人的浙兵，被编为9个营，驻扎在杭州城永昌门外的罗木营。其中2个营用于守卫杭城，7个营用于防汛，三月出巡，六月汛期结束返回兵营。
现在承平日久，不少浙江的官员认为再养着这四万五千大军，实在是靡费钱粮，所以浙江的官员们上疏请求将之遣散，但是练兵军务处显然不同意，戚继光等大将们认为，浙江乃系朝廷要地，设兵严防，本就合宜，若因承平遣散，一旦有事，又何处觅兵勇？
所以练兵军务处认为不能裁撤，为此事僵持不下，只能奏请朱载坖圣裁，朱载坖也认为坚决不能裁撤，这批浙兵士很有战斗力，里面又不少人都是和倭寇见过血的，还算是东南的劲旅，将其裁撤说不定会搞出事情来，绝对不能这么干。
但是现在浙江确实并不需要这么多的兵力驻防，朱载坖和内阁商量之后，将这四万五千人分成三部分，其中两万仍留在浙江，补充进浙江镇和浙江水师中，加强浙江沿海的防御，一万人作为班操京军调入京师，与京营一道操练，一万五千人增援给徐渭的安东都护府，加强朝廷对于倭国的控制。
朱载坖同时传令浙江，不准克扣军饷，仍留浙江的两万是，乃是朝廷的经制之兵，军饷由朝廷保证，军饷军粮，不准随意克扣，同时要严加训练，严防倭寇袭扰和打击沿海的走私。
而朝廷派出的钦差也已经在路上，朝廷已经先传令湖广的抚按官将涉案人等先控制住，以备朝廷查勘。
