而在对于都司卫所予以改革之后，朱载坖的下一个改革重点就是优免制度了，这是一个很难的问题，动这些官员们的蛋糕，肯定是个极为难啃的骨头，对于这些官吏们来说，优免的政策是关系到他们的切身利益的，即便朱载坖是皇帝，要想去动也要掂量一下轻重。
朱载坖为此事首先召见了内阁首辅张居正，朱载坖要求修改优免则例，理由也很充分，由于实行了一条鞭法和摊丁入亩，朝廷赋税征收已经从田亩、人丁转移到纯粹的田亩，原有的免田免丁的优免则例自然是不能适用了，所以为了适应朝廷的新政，自然是要重新制定优免则例了。
朱载坖向张居正表明了自己的想法，要求修改朝廷的优免则例，对于朱载坖的这个要求，张居正认为也是合适的，毕竟朝廷的赋税制度已经发生了重大的变化，为此重修优免则例也是一个很正常的要求。
不过朱载坖的目的显然不至于对于现行的优免制度进行改革，朱载坖问道：“朕自即位以来，三令五申，重申太祖惩贪之法，亦增官俸，而贪官污吏，有增无减，适合道理？”
这也是朱载坖很头疼的问题，从朱载坖即位以来，还是改善了大明的官俸发放，不仅增加了官俸，而且改变了官俸的发放方式，将官员的收入分为官俸和禄米两部分，官府以银钱形式发放，禄米以本色形式发放，官员们的收入还是增加了的，但是在这样情况之下，大明的贪官污吏仍旧层出不穷，都察院统计，这五年以来，被审计出来或者被巡按御史等监察官员予以弹劾的七品以上官员，多达六百余人，至于七品以下和吏员更是不可胜数。
大明现在全国也不过内外文职三万一千员，就有这么多的贪官，这还是被查出来的，那些没有被查出来的，还不知道有多少，朱载坖惩治这些官员的手段虽然不及太祖皇帝酷烈，但是也是非常酷烈的，杀人、流放极边并且要严厉追赃，但是在这种情况之下，这些贪官污吏仍然是杀之不绝，这是朱载坖最无法理解的。
张居正对于这个问题也有些无话可说，吏治问题确实是一个极为严峻的问题，虽然朝廷已经多次重申，要这些官员们洁身自好，切莫自误，但是实际上贪墨的行为在大明的官场上仍旧是非常普遍的行为，应该如何整顿吏治，减少贪墨，这是一个很严峻的问题。
张居正认为现在的官俸仍旧偏低，尤其是对于低级官吏而言，尤其是如此，官员们总是和前宋相比，认为本朝的官俸过低，宋太祖认为：“俸禄薄而责人以廉，甚无谓也。”宋太宗也有言：“廪禄之制，宜从优异，庶几丰泰，责之廉隅。”官吏俸禄微薄还要求他们清正廉洁，这实在是没有道理的事情。要预防腐败，前提是官吏的俸禄足以满足家庭生活开支。
同时贪墨的重灾区是吏员，虽然朝廷在实现吏员的考选之后，吏员的贪墨成风现象有了一定程度上的缓解，但是吏员和低级文官的官俸过低，也是导致贪墨风行的原因，因为这些吏无品级，又无政治地位，但其为朝廷、官员办事，大量的司法、行政等事务的完成都离不开吏员，他们往往可以借此机会大肆敛财。
张居正说道：“天下吏员素无常禄，唯以受贿为生，往往致富者。”
对于张居正所说的这些原因，朱载坖当然是有所了解的，两宋重禄，确实是事实，两宋的官吏们都俸禄丰厚，这点朱载坖也是承认的，王安石在变法的时候就公开宣称：“饶之以财，约之以礼，裁之以法。”
两宋官吏的俸禄水平确实是很高，除了本俸之外，官员们还享受了其他各种的待遇，根据职务的不同以及职位的高低，可领取名目不同、数额不等的各种添给。其名目繁多，涉及衣食住行的方方面面，有：公使钱、职田、职钱、驿券、元随傔人衣粮、傔人餐钱、茶酒厨料、茶汤钱、食料钱、薪蒿盐炭纸钱等等。在这些名目之中，数额较可观的是公使钱、职田以及添支钱。
以四品文官来说，大明四品文官的月俸是二十四石，而宋代四品文官的月俸是五十贯，这已经比之大明的官俸高出不少了，但是两宋官员收入中，官俸占比并不高，同样是四品文官，衣赐包含三匹春绫、三匹冬绫、十五匹绢、五十两冬绵及一匹春罗。增给（添支钱）每月三十贯，餐钱和茶汤钱各五贯。
这些加起来就已经是大明官俸的十倍不止了，所以官员们怀念两宋的官俸，也确实有一定的道理。但是朝廷现在的财政收入肯定是不足以支撑这么丰厚的官俸的，大明本就没有两宋朝廷那么强大的对经济的控制能力，即便是朱载坖即位以来一再想办法拓宽财源，要大明的官俸和两宋齐平，短时间内是肯定做不到的。
而且朱载坖很清楚，即便是两宋，贪墨之风也一样不轻，人的贪欲是无穷的，即便是有了丰厚的官俸，两宋的官吏们也没有少贪墨，所以朱载坖认为增加俸禄确实是一个办法，但是还是要加强监管，严厉打击官吏贪墨行为才是真的。
朱载坖于是将此事交给内阁，先由内阁商量一下，第一是修改优免则例，以适应朝廷的赋役新政，第二就是制定一套遏制贪墨的办法。
对于大明官俸微薄的事情，朱载坖也要有所考虑，从各个方面去解决此事，一味的增加官俸并不能够解决问题，何况朝廷的财政收入本就有限，过分厚养官吏，财政是承担不起的，因为大明的官员数量其实是超过两宋的，宋文官最为冗滥之时不过三万四千六百员，大明文官略少，但是武官数量大，所以朝廷是负担不起大规模增加官俸的。
